Mulder和一名来自五十一区的黑衣人交换了身体，开始了对方的生活，而旁人对此一无所知。

他们设法将身体换了回去，而且谁都不记得之前发生过什么事了。

非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。

Mulder在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对Scully说I love you。

某个星期五的下午，斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）和道吉特（Robert Patrick 罗伯特•帕特里克 饰）护送因杀妻罪名而被指控的黑人马丁•怀尔斯（Joe Morton 乔•莫顿 饰）走出法庭，混乱中马丁被岳父枪杀。 然马丁并未死去，反而经时光倒流回到了两天前，重新回到最终审判的前夕。侥幸逃生的马丁无论如何也想不起杀妻的经过，他一方面要想办法查出事实真相，一方面又要避免转移过程里被岳父杀害。然而时光倒流却未停止，逆流的时间一步步将马丁推向案件发生的那个夜晚……

一位从死神名册上被除名的摄影师，通过捕捉他人的死亡瞬间来渴望重新获得死神的关注。最终他达成所愿，然而死神却背对着Scully。

尤他州北部的荒郊野外，发生了一起神秘的大巴车乘客被害事件。斯科莉（吉莲·安德森 饰）独自前往调查，在现场发现了不明粘液。她追踪一辆白色大巴，来到了一个没有信号、没有车辆，与世隔绝的破败小镇。车子抛锚后，她无奈被困于此。斯科莉四处寻求帮助却无果，隐隐感觉有人在阻止她离开。 当地居民请斯科莉照顾一个受伤的男人，这个男人背上有一个巨大的伤口，里面似乎藏着某种奇怪的生物。 留守总部查阅资料的道吉特（罗伯特·帕特里克 饰）得知斯科莉失联后，意识到自己的搭档可能正身处危险之中……

一个叫做千禧组织的邪教团体召唤了四个活死人，意图通过仪式迎接世纪末的世界末日。Mulder和Scully找到曾是千禧组织成员之一的前FBI探员帮助破案。

小镇的天气预报员一直默默地爱着一位情感经历丰富且波折不断的女子，而他们都没意识到，他的情绪会左右当地的天气。

一个善良的人运气好得惊人，他能合理平衡自身所拥有的好运，还利用这些好运攒钱，助力一个肾衰竭的孩子进行肾移植手术。